گاهى اين كتاب را از آثار كراجكى برشمرده‌اند ليكن اين احتمال درست نيست زيرا مؤلف الآيات الباهرة در اثر خود از كشف الغمه و از آثار علامه نقل كرده است . آرى كتاب مزبور داراى دو نسخه بوده است ، در يكى از آن دو زياداتى به چشم مىخورد كه مؤلف در آن از كنز الفوائد كراجكى مطالبى را نقل كرده است . همچنين در آن از كتاب ما نزل من القرآن فى اهل البيت عليهم السّلام از آثار محمد بن عباس معروف به ابن حجام ، كه از ثقات دانشوران بشمار مىآيد ، نقل كرده است . و در باب عين بىنقطه مىنويسد : شيخ شرف الدّين على استرآبادى از فقهاى علماء بوده است و كتاب شرح الجعفرية شيخ على بن عبد العالى از آثار او مىباشد و شيخ شرف الدّين مذكور از شاگردان شيخ على بوده است و من شرح يادشده را در كتابخانه آستان مقدس حضرت رضا عليه السّلام ديده‌ام . مؤلف گويد : از ظاهر كلام شيخ معاصر برمىآيد كه وى شرف الدّين بن على نجفى و شيخ شرف الدّين على استرآبادى را ، عنوان دو تن از علما قرار داده است . و باز در آغاز كتاب اثبات الهداة فى النصوص و المعجزات اظهار داشته است : كتاب الآيات الباهرة فى فضل العترة الطاهرة از آثار شيخ شرف الدّين على نجفى است و گاهى هم آن را به ديگرى انتساب داده‌اند . مؤلف گويد : از ادله‌اى كه تأييد مىكند كتاب الآيات الباهرة از آثار كراجكى نمىباشد آن است كه نسخه كهنى را در تبريز ديده‌ام كه در آن از كتابهاى شيخ ابن شهرآشوب و شيخ حسن بن ابى الحسن ديلمى يعنى مؤلف ارشاد القلوب روايت مىكرده است . هرچند در آن كتاب از شيخ مفيد و سيد مرتضى و شيخ طوسى هم روايت مىكرده است ، گرچه ممكن است از خود اين اعلام روايت نكرده باشد بلكه از كتابهاشان روايت نموده باشد . به دنبال آنچه از كلام شيخ معاصر نقل كرديم به جهات چندى كه بيرون از تأمل نمىباشد مىرسيم : 1 - نام مؤلف الآيات الباهرة را شرف الدّين نوشته است . 2 - نام پدرش را على دانسته است . 3 - او را سيّد معرّفى نكرده است . 4 - او را استرآبادى دانسته است .